| Kingdom Hearts II comincia un anno dopo Kingdom Hearts: Chain of Memories. Sora e i suoi compagni, Paperino e Pippo, hanno dormito per l'anno passato per riottenere i loro ricordi persi in Chain of Memories. Nel frattempo, Roxas viene portato in una simulazione virtuale di Crepuscopoli creata da DiZ cosicché Roxas, essendo il Nessuno di Sora possa riunirsi con il suo io originale e per riottenere così tutti i ricordi. Questo fa parte della vendetta di DiZ. L'invasione dei Nessuno nella città virtuale ostacola il piano di DiZ, ma alla fine Roxas è forzato a ricongiunrsi con Sora.
Sora, Paperino e Pippo si svegliano nella vera Crepuscopoli e vengono mandati in un nuovo viaggio dal Re Topolino e Yen Sid. Il loro obiettivo è fermare i piani dell'Organizzazione XIII e trovare Riku. Sora riceve dei nuovi vestiti che gli permettono di fondersi con i membri del plotone per ottenere abilità speciali. Intanto Malefica risorge e si allea con Pietro Gambadilegno per ottenere il potere.
Sora viaggia attraverso diversi mondi Disney e risolve i guai causati dall'Organizzazione XIII, gli Heartless, da Malefica e Pietro, e dai nemici locali. Nel frattempo Kairi viene rapita dall'Organizzazione XIII. Durante una visita alla Fortezza Oscura, Sora incontra nuovamente il Re, che rivela loro la vera natura di Ansem, l'antagonista di "Kingdom Hearts". L'Ansem che Sora ha sconfitto era infatti l'Heartless di Xehanort, uno studente di Ansem il Saggio. si verrà poi a sapere che Xemnas, il capo dell'Organizazzione XIII,è il Nessuno di Xehanort . Quindi Sora visita nuovamente i mondi per risolvere nuove complicazioni create dall'Organizzazione XIII.
Attraverso un passaggio nella Crepuscopoli virtuale, Sora, Paperino e Pippo arrivano al Mondo che non Esiste grazie all'eroico sacrificio di Axel. Il quartier generale dell'Organizzazione XIII, un mondo con una luna a forma di cuore, Kingdom Hearts.Qui, Sora trova Kairi e Riku, che rivela la natura della relazione tra Sora e Roxas. Topolino incontra DiZ, che si rivela essere Ansem il Saggio. Questiusa un dispositivo per netraulizzare il potere di Kingdom Hearts, ma si sovraccarica a causa dell'inifita complessità dei cuori, e esplode uccidendolo. Il gruppo prosegue fino ad una vasta sala, dove un'orda di Nessuno si getta su Sora e gli altri. Malefica e Gambadilegno si lanciano contro di loro, sacrificandosi per far proseguire gli amici.
Il climax della trama si raggiunge quando Sora e i suoi amici affrontano Xemnas, che usa il restante potere di Kingdom Hearts per potenziarsi. Dopo aver sconfitto Xemnas, Sora e Riku si riuniscono con i loro amici alle Isole del Destino, la loro casa. Il gioco si conclude con Sora, Riku e Kairi mentre leggono una misteriosa lettera da parte del Re.
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